关于转基因大豆的安全性，专家认为转基因大豆是安全的，理由是：关于转基因大豆油会不会致癌这一说法，其实，到目前为止没有任何一篇经得起推敲的高质量研究论文，能证明转基因食物能致癌。这个问题至今还没有被人类证实，出于科学的严谨性，我们只能说，在未证明它有害之前，它是无害的。
网友对此提出观点：问题是不声不响的让中国百姓吃了20年，在崔捅破这层窗贴纸后又科普又来大喊安全，就问，有关中国民族传承和兴亡，百姓的生命和健康的大事，谁有权利替人民做主？！——不当小白鼠，我要生存权！
专家们认为转基因只是一种育种手段，改变了一个基因，转基因大豆也是大豆。
网友则认为，既然改变了基因，它就是另一个物种，转基因大豆其实只是一个代号，它的安全性没有得到证实，它对环境和其他植物的影响也没有最终的结论，不可大面积种植。
那些专家曾经在几个大城市试吃转基因大米，最后被政府勒令停止，也不知道为什么。知情者去过某个专家的家里，没有看到转基因大米，也没有看到转基因大豆油，他们为什么不自己在家吃转基因食品呢？
学术界和社会舆论对于转基因有着不同的理解，有人拒绝种植转基因大豆，有人拒绝食用转基因大豆，别人也应该尊重他们的选择。